要有效发挥通风空调系统的积极作用，必须强调系统的湿度控制。微生物的活性会随着湿度的增加而增加，最适宜的相对湿度为70%～100%。因此，必须保证空调系统特别是过滤器内空气的相对湿度不超过90%；对于初效过滤器，3天以上的平均相对湿度不应超过80%。但这样的规定往往会导致误解：将周围空气的相对湿度保持在 70% 以下就可以防止微生物污染。其实，强调相对湿度不要太高，是为了防止在寒冷的表面结露。
为防止新风入口处的过滤器吸入雪或雨水受潮，可在新风入口处安装防雨百叶窗，或增加新风管道的坡度，并加一个向上弯曲的新风口管弯头; 由于低效止水造成的润湿，更高等级的空气过滤器可以将进入止水的最大风速限制在 3.5 m/s 以下。为防止系统中长期（12小时）高湿度或潮湿表面，特别是过滤器、盘管和加湿器处，例如在定期关机期间，首先关闭加湿器和表面冷却器，等待系统干燥然后关掉风扇。新风口的粗效过滤器受潮在所难免，而盘管下游侧的中效过滤器（在机器的露点处，相对湿度通常为95%）也会经常受潮，由于无法控制湿度，过滤器上会滋生微生物，产生令人不快的微生物挥发性有机化合物，成为过滤器感官污染负荷的一部分。由此可见，消除微生物在过滤器上的繁殖是一个值得注意的问题。目前国内外普遍采用以下三种措施，①防止过滤器受潮；②开发疏水性过滤材料；③使用抗菌过滤材料。由于国内外尚无抗菌过滤标准，曾一度在中国市场被用作假货。为此原因，
暖通空调最根本的目的是为人们提供一个安全、舒适、健康、高效的室内环境。“以保证室内空气质量为目标的通风空调”与传统的“以整个房间为控制对象，以温湿度控制为中心的通风空调”在理念、思路和方法上都有所不同，体现了“以人为本”的理念。为保证空调的各项指标合格，也需要对其进行相应的空调检测。
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